Bases técnicas para la consolidación de un cepario nacional de Piscirickettsia salmonis debidamente caracterizado

Este proyecto, enmarcado dentro del Programa para la Gestión Sanitaria en la Acuicultura, dirigido por el Servicio Nacional de Pesca y acuicultura, y con una duración de 14 meses, finalizando el 31 de diciembre de 2018. Su principal objetivo, el que fue logrado cabalmente, fue el de consolidar una plataforma confiable y sustentable para una operación eficiente del Cepario Oficial de Piscirickettsia salmonis, previamente establecido, con las principales variantes/cepas recuperadas de las tres especies salmónidas cultivadas en Chile (Salmón del Atlántico, Salmón Coho y Trucha Arcoíris). Con ello, se podrá favorecer una investigación fundamental y aplicada sobre su biología, epidemiología y comportamiento ambiental, de manera de promover nuevas estrategias que favorezcan un control eficiente de la enfermedad que ella genera y así robustecer la gestión sanitaria de la salmonicultura nacional. Para lograrlo, nos propusimos tres objetivos específicos, que complementaban lo ya logrado en tres proyectos previos que dieron pie a la constitución del Cepario Nacional. Ellos fueron la caracterización, en primera instancia, de 34 nuevas variantes de P. salmonis mediante la secuenciación masiva y cierre de sus genomas, gracias a los correspondientes análisis filogenéticos y metagenómicos, que nos permitieron interpretar y validar la información acumulada de los genomas analizados hasta el momento de nuestra parte y de los existentes en las bases de datos públicas, que claramente indicaban la existencia de una gran variabilidad en las secuencias de los diferentes aislados procesados, un claro indicador de que la bacteria en nuestro ambiente acuático, está en plena evolución y con una tendencia a la especiación en más de una modalidad. Como complemento, y en segunda instancia, para comprobar si esta tendencia tenía sentido, requeríamos abarcar un mayor número de aislados frescos, por los que nos propusimos conseguir a lo menos 10 nuevas variantes de la bacteria durante el año 2018, provenientes idealmente de diferentes áreas geográficas y que abarcaran las tres especies salmónidas de cultivo prioritario en Chile. En tercera instancia, con los dos objetivos anteriores debidamente cumplidos, sería posible mantener en operación continua un robusto Cepario Nacional de la bacteria, como una confiable fuente de variantes de la bacteria debidamente caracterizadas, no solo para realizar estudios de su comportamiento en laboratorio y en campo a nivel nacional, sino también proyectado a estudios potenciales del ámbito internacional, donde este agente patógeno también constituye una amenaza para la sustentabilidad del cultivo confinado de peces salmónidos.

Obtuvimos la secuenciación y cierre de las 34 variantes bacterianas comprometidas mediante la plataforma Pac-Bio y complementada mediante la plataforma Ilumina, sinergia procesal que nos aseguraba en cierre eficiente de los genomas blanco. Establecimos convenios con diferentes laboratorios afiliados a la red establecida por Sernapesca para la obtención de las nuevas variantes de la bacteria durante el año 2018, complementado con un fuerte nexo con Intesal y sus asociados, que nos mantuvieron informados de la aparición de nuevos brotes de la enfermedad, lo que contribuyó a que cumpliésemos con el objetivo. Adicionalmente, y como Laboratorio de Referencia Nacional de Sernapesca para el agente, tuvimos acceso directo al Listado de Centros Alerta y CAD del PSEVC-Piscirickettsiosis, información que, al actualizarse semanalmente, nos permitió tener una visión en tiempo real de la situación de la enfermedad en los diferentes centros de cultivo durante 2018 y con esto gestionar las autorizaciones para realizar los correspondientes muestreos. Finalmente, aunque no estaba establecido como un objetivo específico, pero si como parte del Convenio, realizamos el análisis de 152 variantes contenidas en el Cepario, por el método de MLST (Multi Locus Sequence Typing) como una alternativa de caracterización de los aislados, basado en la selección de genes de importancia en la patogénesis/virulencia por su impacto en el desarrollo de la enfermedad.

Adicionalmente, este proyecto comprende un plan operacional del Cepario Nacional en sus dos unidades espejo (PUCV y UACH) que incluye una planificación y ejecución de búsqueda de muestras variantes geo–referenciadas; mecanismos de laboratorio validados para la criopreservación y posterior recuperación de las variantes de la bacteria tipificadas en el Cepario, y un mecanismo administrativo definido para su eventual entrega de las variantes a los diferentes investigadores y/o estamentos interesados en su obtención con propósitos investigativos o para eventuales aplicaciones diferentes.